別紙１

関係法令等の要旨

１　措置法
(1) 措置法第64条《収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例》第１項（平成23年法律第82号による改正前のもの。）は、同項各号に規定する法人の有する資産が土地収用法等の規定に基づいて収用等され、補償金、対価又は清算金を取得する場合において、それらの全部又は一部に相当する金額をもって当該収用等のあった日を含む事業年度において当該収用等により譲渡した資産と同種の資産（以下「代替資産」という。）の取得をし、当該代替資産につき、その取得価額に、補償金、対価又は清算金の額から当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額を控除した残額の当該補償金、対価又は清算金の額の割合を乗じて計算した金額の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額したときは、その減額した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定している。
(2) 措置法第64条第２項第２号は、土地又は土地の上に存する権利が同条第１項第１号等の規定に該当することとなったことに伴い、その土地の上にある資産につき、土地収用法等の規定に基づく収用をし、又は取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合などにおいて、その資産の対価又はその資産の損失に対する補償金を取得することとなった場合には、同条第２項本文において、同条第１項の規定の適用については、当該土地の上にある資産について、収用等による譲渡があったものとみなし、この場合においては、当該補償金又は対価の額をもって、同条第１項に規定する補償金、対価又は清算金の額とみなす旨規定している。
(3) 措置法第64条第３項は、同条第１項第１号等に規定する補償金の額は、名義がいずれであるかを問わず、資産の収用等の対価たるものをいうものとし、収用等に際して交付を受ける移転料その他当該資産の収用等の対価たる金額以外の金額を含まない旨規定している。
(4) 措置法第65条の２第１項は、法人の有する資産で同法第64条第１項各号に規定するものがこれらの規定に該当することとなった場合（同法第64条第２項の規定により同項第２号に規定する土地の上にある資産につき収用等による譲渡があったものとみなされた場合等を含む。）において、当該法人が収用等により取得したこれらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額が、当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中に収用等により譲渡した資産のいずれについても同法第64条から第65条《換地処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例》までの規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と50,000,000円とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定している。
(5) 措置法第65条の２第４項は、同条第１項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書及び同項の規定の適用を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた買取り等の申出があったことを証する書類その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する旨規定している。

２　措置法施行令
　措置法施行令第39条の３《収用換地等の場合の所得の特別控除》第１項は、措置法第65条の２第１項に規定する譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する収用等により譲渡した資産の譲渡に要した経費の金額の合計額が、当該収用等に際し譲渡に要する経費に充てるべきものとして交付を受けた金額の合計額を超える場合におけるその超える金額のうち、当該譲渡をした資産に係るものとして財務省令で定めるところにより計算した金額とする旨規定している。

３　措置法施行規則
(1) 措置法施行規則第22条の３《収用換地等の場合の所得の特別控除》第１項（平成23年財務省令第35号による改正前のもの。）は、措置法施行令第39条の３第１項に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する超える金額を同項に規定する譲渡に要した経費の金額にあん分して計算した金額とする旨規定している。
(2) 措置法施行規則第22条の３第３項第２号は、措置法第65条の２第４項に規定する財務省令で定める書類として、公共事業施行者の買取り等の年月日及び当該買取り等に係る資産の明細を記載した買取り等があったことを証する書類とする旨規定している。

４　措置法通達
(1) 措置法通達64(2)−３《対価補償金等の判定》は、法人が交付を受けた補償金等のうちにその交付の目的が明らかでないものがある場合には、当該法人が交付を受ける他の補償金等の内容及びその算定の内訳、同一事業につき起業者が他の収用等をされた者に対してした補償の内容等を勘案して、それぞれ対価補償金、収益補償金、経費補償金、移転補償金又はその他対価補償金たる実質を有しない補償金のいずれに属するかを判定するのであるが、その判定が困難なときは、課税上弊害がない限り、起業者が証明するところによることができるものとする旨定めている。
(2) 措置法通達64(2)−８《ひき（曳）家補償等の名義で交付を受ける補償金》は、土地等の収用等に伴い、起業者から当該土地等の上にある建物又は構築物をひき（曳）家し又は移築するために要する費用として交付を受ける補償金であっても、その交付を受ける者が実際に当該建物又は構築物を取り壊したときは、当該補償金は、当該建物又は構築物の対価補償金に当たるものとして取り扱う旨定めている。

５　通則法
(1) 通則法第65条《過少申告加算税》第１項は、期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき納付すべき税額に100分の10の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定している。
(2) 通則法第65条第４項は、同条第１項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、同項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として計算した金額を控除して、同項の規定を適用する旨規定している。

６　本件事務運営指針
　本件事務運営指針第１の１は、通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、納税者の責めに帰すべき事由のない次のような事実は、同条第４項に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う旨定め、その(1)において、税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令解釈が明確化されたため、その法令解釈と法人の解釈とが異なることとなった場合において、その法人の解釈について相当の理由があると認められることを納税者の責めに帰すべき事由のない事実として例示し、注書において、税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない旨定めている。

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