（平成30年10月10日裁決）

《裁決書（抄）》

1　事実

(1)　事案の概要

本件は、審査請求人（以下「請求人」という。）がｖ医薬品に関する共同開発契約書等に基づき支払った負担金を試験研究費として法人税の所得の金額の計算上損金の額に算入したところ、原処分庁が、当該負担金は繰延資産に該当するなどとして法人税等の更正処分等をしたのに対し、請求人が、当該更正処分等は法令の解釈及び適用を誤った違法なものであるなどとして、原処分の一部の取消しを求めた事案である。

(2)　関係法令等

関係法令等の要旨は、別紙３「関係法令等」のとおりである。
　なお、別紙３で定義した略語については、以下、本文及び別表においても使用する。

(3)　基礎事実

当審判所の調査及び審理の結果によれば、次の事実が認められる。

  • イ　請求人は、医薬品等の製造売買等を主たる目的として設立された法人である。
  • ロ　請求人は、ｖ医薬品に関して、医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律（ただし、平成26年11月25日前においては平成25年法律第84号による改正前のもの。以下「医薬品医療機器等法」という。）第14条《医薬品、医薬部外品及び化粧品の製造販売の承認》第１項に規定する厚生労働大臣の承認（以下「本承認」という。）の取得を目的として、複数の民間企業との間で、調査、製造、試験などの開発行為を共同で行うこと（以下、本承認の取得を目的としたこれらの行為を「本共同開発」という。）、又は小分け製造販売に係る情報の提供等を受けることとして、本共同開発の業務の分担、本共同開発の過程で得た資料及び情報（以下「本成果」という。）並びに本成果に係る発明及び考案等（以下「本発明等」という。）の帰属、情報の提供、費用の負担等について定めた契約書を取り交わしている。
    　それらのうち、原処分の対象となった各契約（以下「本件各契約」という。）の内容及び本件各契約に関する事実経過の要旨は、別紙４「本件各契約の内容及び事実経過」のとおりである。
    　なお、別紙４で定義した略語については、以下、本文及び別表においても使用する。
  • ハ　本件各契約（ただし、本件契約Ｅを除く。）に基づく共同開発の実態は、大筋次のとおりである。
    • (イ) 本件各契約の締結日前
      • A　対象製剤の開発を先行して実施している一方の契約当事者（以下「親」という。）は、単独で開発を進め、本承認の申請に必要なデータを取得した。
      • B　請求人は、親から、開発の進捗状況の報告を受けるとともに、開発データの提供を受けた。
      • C　請求人は、親に対し、より精緻な開発データを要求し、○○を検討して、経営会議において本件各契約の締結に関する意思決定を行った。
    • (ロ) 本件各契約の締結日以後
      • A　請求人と親は、本承認の申請の目途が立った時点で本件各契約を締結した。
      • B　請求人及び親は、それぞれで本承認の申請を行った。その際、親は、医薬品医療機器等法第14条第３項所定の申請書及び添付すべき資料（以下「本承認申請書等」という。）を、また、請求人は、当該申請書及び本件各契約に係る契約書の写しをそれぞれ厚生労働省に提出した。
        　なお、上記の添付すべき資料について、請求人は、その写し又は試験による確認の記録を保存している。
      • C　請求人及び親は、本承認申請書等に記載した製造所につきＮによる○○調査（以下「○○調査」という。）の対応作業を開始し、本承認の取得の２か月前までを目途に調査が受けられるよう準備を行った。
      • D　請求人及び親は、本承認申請書等に記載した製造所につきそれぞれで○○調査を受けた。
      • E　請求人は、Ｎからの照会に対し、親がＮに対応した内容に基づいて回答をした。
      • F　請求人及び親は、本承認の申請から承認審査を経ておおむね１年後にそれぞれ本承認を取得した。
      • G　本件負担金ＡないしＪ（以下「本件各負担金」という。）のうち、本件負担金Ｅを除く各金額については、○○試験等の開発費用に係る概算額が算出された段階において、請求人と親が協議の上決定した。
  • ニ　本件各契約の対象製剤はいずれも○○されており、当該対象製剤に係る本承認申請書等は、請求人において、ｗ省令に規定する○○の文書に利活用されている。そして、当該文書は、ｗ省令第○条《○○》第○号の規定により原則として文書の作成日から○年間の保管義務があるため、請求人の○○部において少なくとも11年以上保管されている。

(4)　審査請求に至る経緯

  • イ　請求人は、平成26年３月期、平成27年３月期及び平成28年３月期（以下、これらを併せて「本件各事業年度」という。）の法人税について、青色の確定申告書に別表１の「確定申告」欄のとおり記載して、いずれも法定申告期限（法人税法第75条の２《確定申告書の提出期限の延長の特例》第１項（平成29年法律第４号による改正前のもの。）の規定により１月間延長されたもの。）までに提出した。
    　なお、請求人は、措置法第42条の４第１項の規定による試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除額又は同条第４項の規定による試験研究費の増加額等に係る法人税額の特別控除額の計算上、請求人の試験研究費に充てるため他の者から支払を受ける金額があるとして受入研究費の額（平成26年３月期につき○○○○円、平成27年３月期につき○○○○円、平成28年３月期につき○○○○円）を控除した金額を試験研究費の額として、本件各事業年度の法人税の確定申告書の別表六（六）「試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除に関する明細書」又は別表六（八）「試験研究費の増加額等に係る法人税額の特別控除に関する明細書」の各「試験研究費の額」欄に、それぞれ平成26年３月期につき○○○○円、平成27年３月期につき○○○○円、平成28年３月期につき○○○○円と記載している。
  • ロ　請求人は、平成25年４月１日から平成26年３月31日までの課税事業年度（以下「平成26年３月課税事業年度」という。）の復興特別法人税について、青色の確定申告書に別表２の「確定申告」欄のとおり記載して、法定申告期限（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法第53条《課税標準及び税額の申告》第４項の規定により１月間延長されたもの。）までに提出した。
  • ハ　請求人は、平成27年４月１日から平成28年３月31日までの課税事業年度（以下「平成28年３月課税事業年度」という。）の地方法人税について、青色の確定申告書に別表３の「確定申告」欄のとおり記載して、法定申告期限（地方法人税法第19条第５項の規定により１月間延長されたもの。）までに提出した。
  • ニ　Ｐ税務署長は、原処分庁所属の職員の調査に基づき、平成29年７月28日付で、別表１ないし３の各「更正処分等」欄のとおり本件各事業年度の法人税の各更正処分（以下「本件法人税各更正処分」という。）、平成26年３月課税事業年度の復興特別法人税の更正処分（以下「本件復興特別法人税更正処分」という。）及び平成28年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分（以下「本件地方法人税更正処分」といい、「本件法人税各更正処分」及び「本件復興特別法人税更正処分」と併せて「本件各更正処分」という。）、並びに本件各更正処分に係る過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、「本件各更正処分」と併せて「本件各更正処分等」という。）をした。
    　なお、原処分庁は、本件負担金Ｆについて、本件契約Ｆの締結日以後に親が実施した業務に係る費用の額が13,164,290円あるとして当該費用の額を除く16,323,135円を原処分の対象としている。
  • ホ　本件法人税各更正処分に係る更正通知書には、要旨次のとおりの記載がある。
    • (イ)　本件各契約に基づく取引に係る事実関係について
      • A　請求人は、Ｎに対して本承認を得るために、親との間で本件各契約を締結し、本共同開発の費用負担を行う者として取引を行っていること。
      • B　本件各契約は、本件各契約において定められている対象製剤の製造販売元を取得すること、さらに品名に屋号を付けて本承認を取得することを目的として、親がこれまで開発してきた当該対象製剤の本承認申請書等を利用してＮに申請していること。
      • C　本件各契約は、親にとって○○を目的としており、請求人にとっては、○○など、開発コストの低減及び開発能力等の人的資源を補完することを目的にしていること。
      • D　本件各契約は、本承認の申請前までの開発行為は全て親が行っており、また、本承認の申請後のＮからの照会対応についても、全て親が対応していること。
      • E　上記Dにおいて、請求人は、親がＮに回答した内容と全く同じ内容をＮに対して回答するのみであること。
      • F　本件各契約において、請求人の○○センターは、本承認申請書等に関して、その作成につきＮが承認するかどうかを専門的立場から窓口である○○室に助言を行う以外、関与していないこと。
      • G　本件各契約は、事前に締結した秘密保持契約に基づき親から開示を受けた治験データも含めた医薬品の開発内容を検証し、請求人の○○室が、○○を経営会議に諮り、共同開発契約の締結を決定していること。
      • H　本件各契約に係る支出年月日、勘定科目、契約日、契約書名、研究名、支払先及び基礎研究費に計上した金額は、別表４のとおりであること。
    • (ロ)　○○医薬品に関する事実関係について
      • A　○○医薬品の差別化は、添加物やコーティング技術による口どけ・味・舌触り、添加剤の成分と配合割合、製剤の製造方法、製剤の安定性、製剤へのプリント技術及び原薬の安定供給先の有無が要素となっており、これが○○医薬品会社のノーハウと認知されていること。さらに、Ｎも厚生労働省医薬食品局の情報公開に係る事務処理において、医薬品の製造方法や治験実施医療機関に関する情報を他の者による本承認の申請等を容易にする情報として不開示としていること。
      • B　医薬品の製造販売をしようとする者は、本承認申請書等について、関係法令である医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律施行規則において、本承認を受けた日から５年間、並びにｗ省令において、作成日から○年以上の文書の保管が定められていること。
    • (ハ)　原処分庁の判断について
      • A　上記(イ)及び(ロ)のことから、請求人が本件各契約の親と共同で開発行為を行っているとは認められず、基礎研究費に計上した別表４の「金額」欄の各金額は、親が開発してきた成果の開示と利用及び将来発生すると見込まれる業務等に支出したものと認められる。さらに、本承認申請書等は、○○後も管理・保管されていくことから、当該各金額は、役務の提供を受けるために支出する権利金その他の費用で、その支出の効果が１年以上に及ぶものと認められるため、繰延資産に該当する。したがって、当期償却限度額を超える金額は、損金の額に算入されないため、本件各事業年度の所得金額に加算した。
      • B　上記Aの各金額を支出した時点では、本承認申請書等の開示と利用の取引だけが行われており、本承認申請書等には、ノーハウと認知されている事項が記載されていることから、繰延資産の償却期間を60か月とした。
      • C　本件各契約に係る支出年月日、支払先、金額、支出日以後の当事業年度の月数及び支出効果の及ぶ期間の月数、当期償却限度額並びに差引償却限度超過額は、別表５のとおりである。
  • ヘ　請求人は、平成29年10月17日、本件各更正処分等を不服として、原処分の一部の取消しを求めて審査請求をした。

トップに戻る

２　争点

  • (1)　争点１（本件法人税各更正処分に係る更正の理由付記に不備があるか否か。）について
  • (2)　争点２（本件各負担金は法人税法上の繰延資産に該当するか否か。）について

トップに戻る

３　争点についての主張

(1)　争点１（本件法人税各更正処分に係る更正の理由付記に不備があるか否か。）について

原処分庁 請求人
　　本件法人税各更正処分は、本件各契約に係る契約書及び本件各負担金に係る覚書等に記載された事実関係があることを前提に、本件各負担金（ただし、本件負担金Ｆのうち本件契約Ｆの締結日以後に親が実施した業務に係る費用の額13,164,290円を除く。以下、(1)及び(2)の「原処分庁」欄において同じ。）は、ノーハウの取得の対価に該当し、その支出の効果が１年以上に及ぶことから、繰延資産に該当するとして、繰延資産の償却超過額を所得に加算又は減算した処分である。すなわち、本件法人税各更正処分は、本件各負担金の内容につき請求人と原処分庁との法的評価に相違があることから、請求人の帳簿書類の記載自体を否認することなしにされたものであり、本件法人税各更正処分に係る更正通知書には、当該法的評価を判断することが可能な理由が記載されている。
　したがって、本件法人税各更正処分に係る更正の理由付記に不備はない。 		　　本件法人税各更正処分に係る更正通知書には、本件各契約に基づく共同研究に係る事実関係と本件各契約に係る負担金の全部又は一部が繰延資産に該当する旨の記載はあるものの、当該事実関係のどのようなことから、何が法人税の繰延資産の該当要件とされる自己が便益を受けるための費用等に当たるのか及びどのような事情から当該費用の支出の効果がその支出の日以後１年以上に及ぶのかの具体的な記載が一切なく、更正の理由付記としては不十分である。
　したがって、本件法人税各更正処分に係る更正の理由付記には不備がある。

(2)　争点２（本件各負担金は法人税法上の繰延資産に該当するか否か。）について

原処分庁 請求人
  • イ　本件各契約の親が本承認の申請前までに行った開発行為の成果物は、本承認の申請の際に添付資料として必要不可欠な開発データであり、ｖ医薬品を製造するためにも必要不可欠なものであるから、製造上の秘けつ、すなわちノーハウであると認められる。そして、請求人は、本件各契約に基づき当該開発データの提供を受けることにより、親のノーハウを取得したと認められる。
  • ロ　請求人は、本件各負担金を支出することで本承認の申請に必要不可欠な開発データを取得し、これに伴い本承認の申請を行い、当該申請が承認されることによって本件各契約の対象製剤を自社製品として製造販売が可能となったのであるから、本件各契約の有効期間に関する規定によれば、本件各負担金の支出の効果は、その支出の日以後１年以上に及ぶ。
  • ハ　以上のことから、本件各負担金は、法人税法施行令第14条第１項第６号ハに掲げる費用に該当し、法人税法第２条第24号に規定する繰延資産に該当する。
  • イ　本件各契約（ただし、本件契約Ｅを除く。以下、ロにおいて同じ。）に基づき親から開示されたデータや資料等は、本承認の申請時点においては製造の技術資料等として完成していないものであるから、本承認が得られるまでに、訂正、変更又は補完されるものであるし、本承認が得られないリスクもある。そして、本承認が得られた当該データ等は、請求人と親とによる共同開発の成果であって、請求人が自己開発したものと同様であると認められる。
    　なお、ｖ医薬品の開発に係るデータ等は、○○を証するものが主であって、ノーハウとされる製法上の秘けつに当たらないことは明らかである。
  • ロ　本件各契約における親の開発資料の作成費用は、本承認の申請時点において製造の技術資料等として完成していない基礎研究ないし応用研究費用と認められるところ、本件各負担金のうち本承認の申請書に添付した親の開発資料の作成費用に対応する部分は、不確実性を伴った開発データを共有するための対価であるとともに、本件各負担金の支出には、本承認が得られないリスクがあることから、その支出の効果がその後に及ぶものといえないことは明らかである。
  • ハ　以上のことから、本件各負担金は、法人税法上の繰延資産に該当しない。

トップに戻る

４　当審判所の判断

(1)　争点１（本件法人税各更正処分に係る更正の理由付記に不備があるか否か。）について

  • イ　法令解釈
    　法人税法第130条第２項が青色申告に係る法人税について更正をする場合には更正通知書に更正の理由を付記すべきものとしているのは、法が、青色申告制度を採用し、青色申告に係る所得の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨に鑑み、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、したがって、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に付記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが（最高裁昭和38年５月31日第二小法廷判決・民集17巻４号617頁、最高裁昭和54年４月19日第一小法廷判決・民集33巻３号379頁等）、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、その更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を上記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正の理由付記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁昭和60年４月23日第三小法廷判決・民集39巻３号850頁）。
  • ロ　当てはめ
    　本件法人税各更正処分は、上記１の(4)のホのとおり基礎研究費に計上した別表４の「金額」欄の各金額、すなわち本件各負担金（ただし、本件負担金Ｆのうち原処分の対象とされなかった費用の額13,164,290円を除く。以下、ロ及びハにおいて同じ。）が、親が開発してきた成果の開示と利用及び将来発生すると見込まれる業務等に対して支出した費用（法人税法施行令第14条第１項第６号ハに掲げる費用）で、その支出の効果が１年以上に及ぶものと認められるから、法人税法第２条第24号に規定する繰延資産に該当するとして行われたものであるところ、原処分庁は、本件各負担金に係る帳簿の記載のうち、本件各負担金の存在、その支出日及び支出額についての帳簿記載を覆すことなくそのまま肯定した上で、本件各負担金が法人税法上の繰延資産に該当するものか否かについて、請求人と評価を異にしたことにより本件法人税各更正処分を行ったものと認められる。
    　そして、本件法人税各更正処分に係る更正通知書には、上記１の(4)のホのとおり、請求人が、本件各負担金について、費用に計上した時期（支出年月日）と金額、勘定科目及び所得金額の計算上損金の額に算入した額が具体的に特定され、原処分庁が、それらのうち損金の額に算入されないとした金額（差引償却限度超過額）、及びその理由として、本件各負担金は繰延資産に該当すると判断したことが記載されている。さらに、その判断の根拠とした具体的な事実関係が記載されていると認められることからすると、本件法人税各更正処分における原処分庁の判断過程を省略することなく記載したものということができるのであるから、その判断の慎重及び合理性を担保するという点について欠けるところはなく、当該理由の記載の程度は、原処分庁の恣意を抑制し、請求人に不服申立ての便宜を与えるという理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示されているというべきである。
    　したがって、本件法人税各更正処分に係る更正の理由付記に不備はない。
  • ハ　請求人の主張について
    　請求人は、本件法人税各更正処分に係る更正通知書には、本件各契約に基づく共同研究に係る事実関係のどのようなことから、何が法人税の繰延資産の該当要件に当たるのかなどの具体的な記載が一切なく、理由付記としては不十分である旨主張する。
    　しかしながら、上記ロのとおり、本件法人税各更正処分は、本件各負担金が法人税法上の繰延資産に該当するか否かについて、請求人と評価を異にしたことによりなされたものであるところ、本件法人税各更正処分に係る更正の理由付記においては、その評価を異にした理由が具体的に示されていると認められるから、請求人の主張には理由がない。

(2)　争点２（本件各負担金は法人税法上の繰延資産に該当するか否か。）について

  • イ　認定事実
    　請求人提出資料、原処分関係資料並びに当審判所の調査及び審理の結果によれば、次の事実が認められる。
    • (イ)　本件各契約（ただし、本件契約Ｅを除く。）に係る契約書及び覚書等によれば、本件各負担金の対象となる各業務は、親が担当する業務であり（ただし、本件契約Ｆに係る契約書においては、当該業務の一部を請求人も分担することとされているが（別紙４の６の(1)のロの(ﾘ)）、請求人がその一部の業務を実施したと認めるに足りる証拠はない。）、対象製剤の○○試験の実施など一部の業務を除き、そのほとんどが本件各契約の締結日までに完了していた。
    • (ロ)　本件各契約に係る契約書等によれば、親が開発の過程で得た成果（資料及び情報）について、請求人は、本件各契約の対象製剤に係る本承認の申請に必要な資料として親から提供を受けるとともに、当該申請後においても本承認を得るために必要となる資料として引き続き親から提供を受けていた。
  • ロ　法令解釈
    　企業会計においては、費用収益対応の原則がとられており、法人税法においても同原則が妥当するものと解されるところ（法人税法第22条参照）、法人税法上の繰延資産は、費用を支出しても、それにより当該費用と収益の対応関係が即時的に完結せず、その後においても収益を生み出す性質を有する場合のその継続的な収益に着目し、複数年にわたり償却（損金算入）を行うという制度である（法人税法第32条、法人税法施行令第64条）から、「支出の効果」（法人税法第２条第24号、法人税法施行令第14条第１項）についても同原則に照らして考慮すべく、「支出の効果」とは、費用収益対応の原則における「収益」の発生を意味するものであって、「支出の効果がその支出の日以後１年以上に及ぶもの」というのは、費用収益対応の原則の下、当該費用の支出が１年以上に及ぶ継続的な収益を発生させる性質を有するものをいうと解するのが相当である。
  • ハ　当てはめ
    • (イ)　本件各負担金の繰延資産該当性について
      • A　本件各負担金の法人税法施行令第14条第１項第６号ハに掲げる費用該当性
        　本件各負担金の反対給付は、上記イの(ロ)のとおり、親が開発の過程で得た成果（資料及び情報）である。そして、請求人は、本件各契約の対象製剤に係る本承認の申請に必要な資料として親から当該成果の提供を受けるとともに、当該申請後においても本承認を得るために必要となる資料として引き続き親から提供を受けて、上記１の(3)のハの(ロ)のとおり、本承認申請書等を作成し本承認を取得している。そうすると、本件各契約の対象製剤に係る本承認申請書等は、親から当該成果（資料及び情報）の提供を受けて請求人において完成された成果物であるということができる。
        　なお、本件契約Ｅについてみると、別紙４の５の(1)ないし(3)のとおり、本件負担金Ｅは○○試験に係る費用の負担とされているが、請求人は、対象製剤Ｅに関して既に本承認を得ているＱ社が開発の過程で得た資料及び情報を本承認の取得に必要な資料として提供を受け、本承認の申請に関する費用として本件負担金Ｅを支払っていることからすれば、本承認申請書等は、本件負担金Ｅの反対給付として当該資料及び情報の提供を受けて請求人において完成された成果物であるということができる。
        　したがって、本件各負担金は、いずれも親が開発の過程で得た成果（資料及び情報）の提供という役務の提供を受けるために支出する費用であると認められる。
        　おって、原処分庁は、上記１の(4)のニのとおり、本件負担金Ｆのうち本件契約Ｆの締結日以後に親が実施した業務に係る費用の額13,164,290円を原処分の対象から除いたが、上記のとおり、本件負担金Ｆも、役務の提供を受けるために支出する費用であると認められるから、本件負担金Ｆから13,164,290円を除く必要はないと認められる。
        　以上のことから、本件各負担金は、いずれも法人税法施行令第14条第１項第６号ハに掲げる「役務の提供を受けるために支出する権利金その他の費用」に該当すると認められる。
      • B　本件各負担金の支出の効果
        　上記ロのとおり、「支出の効果がその支出の日以後１年以上に及ぶもの」というのは、費用収益対応の原則の下、当該費用の支出が１年以上に及ぶ継続的な収益を発生させる性質を有するものをいうと解するのが相当であるところ、請求人が本件各契約に基づき親が開発の過程で得た成果（資料及び情報）の提供を受けること自体は、直ちに請求人の収益を生み出すものではないが、当該成果の提供を受けて完成された成果物である本承認申請書等は、本承認を取得することにより対象製剤が製造販売されて収益を生み出すことができる性質を有するものであることに鑑みれば、本承認申請書等により本承認を取得したことをもって「支出の効果」と解すべきである。
        　そして、上記１の(3)のニのとおり、本件各契約の対象製剤はいずれも○○されていることに加え、医薬品医療機器等法第14条第６項及び医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律施行令（平成26年11月25日前においては平成26年政令第269号による改正前のもの。）第21条《製造管理又は品質管理の方法の基準に係る調査の期間》の規定によれば、本承認を受けた者は、本承認の取得後５年ごとに、厚生労働大臣の書面による調査又は実地の調査を受けなければならないとされていることからすると、本承認を取得した効果は少なくとも５年は継続するということができ、ほかに支出の効果の及ぶ期間が５年未満であるという特段の事情は見当たらないことから、本件各負担金の支出の効果が支出の日以後１年以上に及ぶことは明らかである。
      • C　小括
        　以上のとおり、本件各負担金は、いずれも法人税法施行令第14条第１項第６号ハに掲げる費用に該当し、支出の効果がその支出の日以後１年以上に及ぶものと認められるから、法人税法第２条第24号に規定する繰延資産に該当する。
    • (ロ)　本件各負担金の償却期間について
      　法人税法施行令第64条第１項第２号の規定によれば、同施行令第14条第１項第６号に掲げる繰延資産については、その繰延資産となる費用の支出の効果の及ぶ期間で償却するとされている。
      　これを本件についてみると、上記(イ)のBのとおり、本承認を取得した効果は少なくとも５年は継続するということができ、ほかに支出の効果の及ぶ期間が５年未満であるという特段の事情は見当たらないことから、本件各負担金の償却期間は、60か月とするのが相当である。
    • (ハ)　本件各負担金の償却開始の時期について
      　法人税法施行令第64条第１項第２号の規定によれば、同施行令第14条第１項第６号に掲げる繰延資産の償却開始の時期は、その支出をした日であるところ、法人税基本通達８―３―３《分割払の繰延資産》は、その分割して支払う期間がおおむね３年以内の短期間である場合には、その確定した総額を未払金に計上した日から、その総額に対して償却費を計算することができる旨定めている。そして、上記の取扱いは、ごく短期間内に分割払されるものについてまで未払金計上して償却することを認めないとする必要はないとの趣旨と解され、当審判所も相当であると認めるところ、別紙４のとおり、本件各負担金の分割払の期間はいずれも２年以内であることから、本件各負担金の償却開始の時期は、請求人がその総額を「基礎研究費」に計上した日とするのが相当である。
  • ニ　請求人の主張について
    • (イ)　請求人は、上記３の(2)のとおり、本件各契約（ただし、本件契約Ｅを除く。）に基づき親から開示され本承認が得られた資料等は、請求人と親とによる共同開発の成果であって、請求人が自己開発したものと同様であるとともに、ノーハウに当たらないから、本件各負担金は繰延資産に該当しない旨主張する。
      　しかしながら、本件各契約に基づく共同開発においては、1親が単独で対象製剤に係る開発を進め、請求人は、本承認の申請に必要なデータを親から取得していたこと（上記１の(3)のハの(イ)）、2本件各契約に係る費用の負担等に関する覚書において定められている本件各負担金の対象となる各業務は、親が担当する業務であるところ、対象製剤の○○試験の実施など一部の業務を除き、そのほとんどが本件各契約の締結日までに完了していたこと（上記イの(イ)）、3請求人は、本件各契約の締結日から短期間（締結日から起算して５日目ないし40日目）で本承認の申請をしていたこと（別紙４）などの諸事情及び4本件各契約に基づく共同開発の実態（上記１の(3)のハ）に照らすと、本件各契約において請求人が当該共同開発の主体であったとみることはできないことから、本件各契約に基づき親から開示され本承認が得られた資料等は、請求人と親とによる共同開発の成果であると認めることはできない。
      　加えて、上記ハの(イ)のAのとおり、本件各負担金は、いずれも役務の提供を受けるために支出する費用であると認められるところ、法人税基本通達８―１―６《ノーハウの頭金等》は、法人税法施行令第14条第１項第６号ハに掲げる役務の提供を受けるために支出する権利金等の代表的なものとして、ノーハウの設定契約に際して支出する一時金又は頭金の費用を挙げているにすぎないから、上記の親から開示され本承認が得られた資料等がノーハウに当たらないとしても、そのことから必然的に本件各負担金が繰延資産に該当しないことにはならない。
      　したがって、請求人の主張には理由がない。
    • (ロ)　また、請求人は、本件各負担金（ただし、本件負担金Ｅを除く。）のうち本承認の申請書に添付した親の開発資料の作成費用に対応する部分は、不確実性を伴った開発データを共有するための対価であるとともに、本件各負担金の支出には、本承認が得られないリスクがあることから、その支出の効果がその後に及ぶものといえない旨主張する。
      　しかしながら、上記ハの(イ)のBのとおり、本承認申請書等により本承認を取得したことをもって「支出の効果」と解すべきであり、本承認を取得した効果は少なくとも５年は継続するということができることなどから、本件各負担金の支出の効果が支出の日以後１年以上に及ぶことは明らかである。
      　したがって、請求人の主張には理由がない。
    • (ハ)　なお、請求人は、本件負担金Ｅについて、原処分庁の主張に対して反論をせず、また、当審判所の求釈明に対して主張をすることはない旨回答している。
  • ホ　請求人のその他の主張について
    　請求人は、本件各契約が民法上の任意組合に準拠した方式のものであることを前提にすると、本件各負担金は、当該任意組合に対する出資金に相当し、当該出資金に相当する金額が試験研究費として、本件各契約の締結日の属する事業年度の損金の額に算入すべきである旨主張する。
    　しかしながら、請求人は、上記任意組合としての損益計算及び損益分配に係る会計処理をしていないのであるから、上記請求人の主張は、その前提を欠くものといわざるを得ない。
    　また、本件各負担金は、上記ハの(イ)のAのとおり、いずれも親が開発の過程で得た成果（資料及び情報）の提供という役務の提供を受けるために支出する費用であり、出資金に相当するものと認めることはできないから、上記請求人の主張は採用できない。

(3)　本件各更正処分等の適法性について

  • イ　本件法人税各更正処分について
    　上記(2)のハの(イ)のCのとおり、本件各負担金は、いずれも法人税法第２条第24号に規定する繰延資産に該当するから、同法第32条第１項の規定により償却限度額を超える金額を損金の額に算入することはできない。よって、本件各事業年度の法人税の所得の金額の計算上損金の額に算入されない金額（償却超過額）及び損金の額に算入される金額（償却不足額）は、別表６ないし別表８のとおりである。
    　なお、請求人は、上記１の(4)のイのとおり、措置法第42条の４第１項の規定による試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除額又は同条第４項の規定による試験研究費の増加額等に係る法人税額の特別控除額の計算上、請求人の受入研究費の額を控除した金額を試験研究費の額としているが、原処分関係資料並びに当審判所の調査及び審理の結果によれば、当該受入研究費については、本件各契約において親が受領した本件各負担金と同様、請求人が本共同開発に係る契約の相手方に対して開発の過程で得た成果を提供した対価と認められるから、請求人の試験研究費に充てるため他の者から支払を受ける金額として控除する必要はないものと認められる。
    　また、原処分庁は、本件各負担金のうち本件各事業年度の損金の額に算入される金額についてはいずれも措置法第42条の４第６項第１号に規定する試験研究費に該当しないとして原処分を行っているところ、当該金額が試験研究費に該当するか否かにかかわらず、上記受入研究費の額を控除する前の金額を基に同条第１項又は第４項に規定する特別控除額の対象となる試験研究費の額を再計算すると、それぞれ本件各事業年度の法人税の確定申告書の別表六（六）又は別表六（八）に記載された試験研究費の額（上記１の(4)のイ）を上回ることとなるが、当該特別控除額の計算の基礎となる試験研究費の額は、同条第10項の規定により本件各事業年度の法人税の確定申告書に添付された書類に記載された試験研究費の額が限度とされることから、それぞれ上記の別表六（六）又は別表六（八）に記載された試験研究費の額と同額であると認められる。
    　そして、上記に基づき本件各事業年度の法人税の所得金額及び納付すべき税額を計算すると、次のとおりとなる。
    • (イ)　平成26年３月期
      　平成26年３月期の法人税の所得金額及び納付すべき税額を計算すると、原処分の各金額と同額であると認められる。
      　なお、平成26年３月期の法人税の更正処分のその他の部分については、請求人は争わず、当審判所に提出された証拠資料等によっても、これを不相当とする理由は認められない。
      　したがって、平成26年３月期の法人税の更正処分は適法である。
    • (ロ)　平成27年３月期
      　平成27年３月期の法人税の所得金額及び納付すべき税額を計算すると、別表９の「審判所認定額」欄記載の各金額となるところ、これらの金額は、原処分の各金額を上回る。
      　なお、平成27年３月期の法人税の更正処分のその他の部分については、請求人は争わず、当審判所に提出された証拠資料等によっても、これを不相当とする理由は認められない。
      　したがって、平成27年３月期の法人税の更正処分は適法である。
    • (ハ)　平成28年３月期
      　平成28年３月期の法人税の所得金額及び納付すべき税額を計算すると、別表10の「審判所認定額」欄記載の各金額となるところ、これらの金額は、原処分の各金額を下回る。
      　なお、平成28年３月期の法人税の更正処分のその他の部分については、請求人は争わず、当審判所に提出された証拠資料等によっても、これを不相当とする理由は認められない。
      　したがって、平成28年３月期の法人税の更正処分は、その一部を別紙１「取消額等計算書」のとおり取り消すべきである。
  • ロ　本件復興特別法人税更正処分について
    　上記イの(イ)のとおり、平成26年３月期の法人税の更正処分は適法であり、これに基づき平成26年３月課税事業年度の復興特別法人税の納付すべき税額を計算すると、本件復興特別法人税更正処分の金額と同額であると認められる。
    　なお、本件復興特別法人税更正処分のその他の部分については、請求人は争わず、当審判所に提出された証拠資料等によっても、これを不相当とする理由は認められない。
    　したがって、本件復興特別法人税更正処分は適法である。
  • ハ　本件地方法人税更正処分について
    　上記イの(ハ)のとおり、平成28年３月期の法人税の更正処分はその一部を取り消すべきであり、これに基づき平成28年３月課税事業年度の地方法人税の納付すべき税額を計算すると、別表11の「審判所認定額」欄記載の金額となるところ、この金額は、原処分の金額を下回る。
    　なお、本件地方法人税更正処分のその他の部分については、請求人は争わず、当審判所に提出された証拠資料等によっても、これを不相当とする理由は認められない。
    　したがって、本件地方法人税更正処分は、その一部を別紙２「取消額等計算書」のとおり取り消すべきである。
  • ニ　本件各賦課決定処分について
    • (イ)　平成26年３月期及び平成27年３月期の法人税に係る過少申告加算税の各賦課決定処分
      　上記イの(イ)及び(ロ)のとおり、平成26年３月期及び平成27年３月期の法人税の各更正処分はいずれも適法であり、これらの処分により納付すべき税額の計算の基礎となった事実がこれらの処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法第65条《過少申告加算税》第４項（平成28年法律第15号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する「正当な理由」があるとは認められない。そして、他に計算の基礎となる金額及び計算方法につき請求人は争わず、当審判所においても、平成26年３月期及び平成27年３月期の法人税に係る各過少申告加算税の額は、いずれも原処分の額と同額であると認められる。
      　したがって、上記の各賦課決定処分はいずれも適法である。
    • (ロ)　平成28年３月期の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分
      　上記イの(ハ)のとおり、平成28年３月期の法人税の更正処分はその一部を取り消すべきであり、これに基づき平成28年３月期の法人税に係る過少申告加算税の額を計算すると、別表10の「審判所認定額」欄記載の金額となるところ、この金額は、原処分の金額を下回る。
      　なお、上記の更正処分により納付すべき税額の計算の基礎となった事実が同処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法第65条第４項に規定する「正当な理由」があるとは認められず、他に計算の基礎となる金額及び計算方法につき請求人は争わない。
      　したがって、平成28年３月期の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分は、その一部を別紙１「取消額等計算書」のとおり取り消すべきである。
    • (ハ)　平成26年３月課税事業年度の復興特別法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分
      　上記ロのとおり、本件復興特別法人税更正処分は適法であり、同処分により納付すべき税額の計算の基礎となった事実が同処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法第65条第４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。そして、他に計算の基礎となる金額及び計算方法につき請求人は争わず、当審判所においても、平成26年３月課税事業年度の復興特別法人税に係る過少申告加算税の額は、原処分の額と同額であると認められる。
      　したがって、上記の賦課決定処分は適法である。
    • (ニ)　平成28年３月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分
      　上記ハのとおり、本件地方法人税更正処分はその一部を取り消すべきであり、これに基づき平成28年３月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の額を計算すると、別表11の「審判所認定額」欄記載の金額となるところ、この金額は、原処分の金額を下回る。
      　なお、本件地方法人税更正処分により納付すべき税額の計算の基礎となった事実が同処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法第65条第４項に規定する「正当な理由」があるとは認められず、他に計算の基礎となる金額及び計算方法につき請求人は争わない。
      　したがって、平成28年３月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分は、その一部を別紙２「取消額等計算書」のとおり取り消すべきである。

(4)　結論

よって、審査請求には理由があるから、原処分の一部を取り消すこととする。

トップに戻る

別表1　審査請求に至る経緯（法人税）（省略）

別表2　審査請求に至る経緯（復興特別法人税）（省略）

別表3　審査請求に至る経緯（地方法人税）（省略）

別表4　原処分に係る本件各契約の内訳（省略）

別表5　原処分に係る繰延資産の償却限度額の計算明細（省略）

別表6　平成26年３月期の本件各負担金の償却超過額（省略）

別表7　平成27年３月期の本件負担金の償却超過額及び償却不足額（省略）

別表8　平成28年３月期の本件負担金の償却超過額及び償却不足額（省略）

別表9　平成27年３月期の法人税の所得金額等の計算明細（省略）

別表10　平成28年３月期の法人税の所得金額等の計算明細（省略）

別表11　平成28年３月課税事業年度の地方法人税の計算明細（省略）

別紙1　取消額等計算書（省略）

別紙2　取消額等計算書（省略）

別紙3　関係法令等

別紙4　本件各契約の内容及び事実経過（省略）

トップに戻る